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食品是人類賴以生存和發展的物質基礎，食品是否安全，嚴重影響大眾健康。食品中有毒有害物質，主要是指存在于食品或食品原料中對人體有毒的或者具有潛在危害性的物質。食品中有毒有害物質會嚴重危害食品安全，可引起人體代謝紊亂，進而導致疾病的產生。近年來，由食品中有毒有害物質導致的食物中毒事件層出不窮，引起各國政府、國際組織、學術機構和消費者的高度重視。

        食品及農產品中常見的有毒有害物質主要有：農藥殘留、獸藥殘留、生物毒素、添加劑濫用、環境污染物、重金屬超標等。

        常見農藥主要有：有機氯農藥（六六六、滴滴涕等）、有機磷農藥（甲胺磷、對硫磷 涕滅威）、氨基甲酸酯類農藥等。一般采用：氣相色譜、酶抑制法、串聯質譜、液相色譜-質譜-質譜聯用等方法檢測。

        常見獸藥主要有：抗生問素類（氯霉素、四環素、土霉素、金霉素等）、磺胺類（磺胺噻唑、磺胺嘧啶、磺胺二甲基嘧啶等）、呋喃類（硝基呋喃原藥及代謝物、呋喃妥因等）、激素類（性激素類、皮質激素類和鹽酸克侖特羅等）等。一般采用：液相色譜-質譜-質譜聯用法、液相色譜-質譜聯用法等方法檢測。

        生物毒素主要有：黃曲霉毒素、嘔吐毒素、展青霉素、赭曲霉毒素A、玉米赤霉烯酮、麻痹性貝毒、腹瀉性貝毒、神經性貝毒、記憶缺失性貝毒、西加魚毒、河豚毒素、微囊藻毒素、節球藻毒素、柱孢藻毒素、伏馬菌素等。一般采用：高效液相色譜檢測方法、質譜檢測方法、免疫學檢測方法檢測。

        添加劑：我國食品添加劑有23個類別，2000多個品種，較為常見的有：營養強化劑：鈣、鐵、鋅；防腐劑：苯甲酸及其鹽類；增稠劑：CMC、瓊脂等。

        環境污染物主要有：苯并芘、N-亞硝胺、多氯聯苯、氨基甲酸乙酯、β-內酰胺酶、N-二甲基亞硝胺、丙烯酰胺、二噁英、多環芳烴（PAHs）等。一般采用：氣質聯用法、液相-氣相聯用、離子色譜法、液質聯用等方法檢測。

        重金屬：以鉛、鎘、汞、鎘、鉻等元素檢測居多。一般采用：原子吸收光譜法、原子熒光光譜法、ICP-MS等檢測。